In Sint-Gillis zijn recent geleden prehistorische bewoningssporen uit de ijzertijd ontdekt in de ondergrond van de terreinen van de ambachtelijke zone Kluizenmolen.
Ook zijn er op deze plaats sporen gevonden van de bevolkingskernen rond het klooster De Kluize.
Het is vooral vanaf de 12°eeuw dat hier een landelijke bevolking groeide.
De Kluize was ontstaan uit een nederzetting van kluizenaars rond de kapel Crusforda.
Deze naam 'Crusforda' is de oudste vermelding (1123), die over Sint-Gillis is terug te vinden. Dankzij de winning van turf uit de veenvelden of moeren en het aanleggen  van dijken kon de bevolking zich uitbreiden en verspreiden. In het zuidelijke deel van Sint-Gillis heeft de eerste bewoning zich gegroepeerd langsheen de oorspronkelijke Romeinse heirwegen, die geleidelijk handelsroutes werden.
Reeds in 1241 wer Sint-Gillis onder 19 Wase keurdorpen erkend door Johanna Van Constantinopel,
de dochter van Boudewijn IX van Vlaanderen.

Hoewel we in de grensstreek zitten en het stropen en smokkelen hier legio waren, dankt dit bosgebied zijn naam aan de vroegere eigenaars, de familie Stroopers of De Strooper die in de 17de en 18de eeuw in dit gebied bossen hadden liggen.

De driebeukige neogotische Sint-Egidiuskerk werd gebouwd in 1873-1875 op de plaats van de vorige kerk. Heel wat meubilair is uit de vorige kerk overgebracht, ondermeer de orgelkast (1652) van Fr. De Wree, de barokke biechtstoel, de kerkmeesterbanken en de kansel.